Genbank格式的基因序列绘制基因的结构图

应用背景 NCBI上很多基因组DNA序列都有结构描述，其中关于内含子结构的描述通常是 CDS             join(1..193,290..1284)，表示两个外显子，中间一个是内含子位置，有些基因组DNA更复杂，内含子数目可能达到10个以上，看起来眼花缭乱。很多研究者希望把这些结构信息以图形的形式展示，一目了然，容易分析。用这个perl脚本可以方便的绘制图形，只需要把序列下载下来，输入一个命令自动绘图成功！ 关键技术 计算机条件：linux系统，我是在ubuntu系统上使用的。网上下载bioperl 安装。安装很简单，bioperl下载后解压到一个盘上，形成一个文件夹。安装Bio::Graphics的方法，在ubuntu的命令行下输入 sudo perl -MCPAN -e"install Bio::Graphics" 即可自动安装。在Ubuntu安装了bioperl，Bio::Graphics后，可以cd到这些perl脚本和文件所在的文件夹下，在linux终端输入命令行, genbankplot.pl NM_172587.gb >1.png，得到的png图像双击就打开，是基因的结构图！！！注意先把NM_172587.gb 这个genbank下载的文件拷贝到bioperl文件夹下。得到的图就像1.png。