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Genbank格式的基因序列绘制基因的结构图
应用背景
NCBI上很多基因组DNA序列都有结构描述,其中关于内含子结构的描述通常是 CDS join(1..193,290..1284),表示两个外显子,中间一个是内含子位置,有些基因组DNA更复杂,内含子数目可能达到10个以上,看起来眼花缭乱。很多研究者希望把这些结构信息以图形的形式展示,一目了然,容易分析。用这个perl脚本可以方便的绘制图形,只需要把序列下载下来,输入一个命令自动绘图成功!
关键技术
计算机条件:linux系统,我是在ubuntu系统上使用的。网上下载bioperl 安装。安装很简单,bioperl下载后解压到一个盘上,形成一个文件夹。安装Bio::Graphics的方法,在ubuntu的命令行下输入 sudo perl -MCPAN -e"install Bio::Graphics" 即可自动安装。在Ubuntu安装了bioperl,Bio::Graphics后,可以cd到这些perl脚本和文件所在的文件夹下,在linux终端输入命令行, genbankplot.pl NM_172587.gb >1.png,得到的png图像双击就打开,是基因的结构图!!!注意先把NM_172587.gb 这个genbank下载的文件拷贝到bioperl文件夹下。得到的图就像1.png。
- 2022-02-10 02:56:54下载
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北京大学遥感所的研究生图像处理讲义高级遥感数字图像处理(硕士生课程)之第三章 数字图像显示-Peking University
- 2022-07-13 21:20:52下载
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用matlab实现不规则光照下自适应阈值的前景背景分离算法。文件里面附测试图像。-Matlab implementation to use irregular light of the prospects for adaptive threshold background separation algorithm. Test image files attached inside.
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找了好久才找到的,关于数字图像处理的基础书大概看看了,内容不错。- Looked only then had found for a long time, probably had a look
about the digital picture processing foundation book, the content was
good.
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Algorithm of Scattered Data Reduction for Surface Reconstruction using Radial Basis Function
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很漂亮的屏幕飘雪-very nice screen Snowing
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