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从NCBI上自动下载超大序列
应用背景Windows系统,安装了perl环境。可以根据您的搜索条件或者提供的GI号,从NCBI上自动下载超大序列。能自动下载超过50000条以上的核酸或蛋白序列。有时候需要根据自己提供的GI号从NCBI上下载需要的基因或蛋白序列,这个小程序可实现自动下载。在windows操作系统下即可轻松完成,直接双击程序,自动运行下载序列。关键技术放在任何文件夹双击运行。相当于在NCBI首页上查询某物种的基因或蛋白序列,然后自动下载保存为fasta格式。根据使用目的修改脚本。使用方法如下:查询核酸序列:NCBI--左上选Nucleotide--右边输入要查询的物种和限制条件,比如番茄tomato mRNA,出来很多序列,在右下方Search details处,可看到查询条件其实是 ("Solanum lycopersicum"[Organism] OR tomato[All Fields]) AND mRNA[All Fields],复制这个查询条件,粘贴到脚本的第12行$query = ""Solanum lycopersicum"[orgn]"的单引号里面覆盖"Solanum lycopersicum"[orgn],脚本14行$url = $base . "esearch.fcgi?db=protein&term=$query&usehistory=y";里面的db=后面的protein改成Nucleotide,32行$efetch_url = $base ."efetch.fcgi?db=protein&WebEnv=$web"里面的protein也改成Nucleotide。修改这三处之后即可查询得到fasta格式序列。如果查询蛋白序列,按上述方法得到查询条件粘到$query后面,把后面的库db改成protein。查询其它库依此类推。
- 2022-12-23 12:35:03下载
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- 2022-08-23 06:00:53下载
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- 2022-11-28 03:50:02下载
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呵呵,继续上载关于ICOS的技术文档,-Oh, we continued on ICOS containing the technical documentation,
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- 2022-03-17 01:59:40下载
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网上下载的毕业设计!-downloaded graduate design!
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龙珠系列的datasheet-Pearl Series datasheet
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在Matlab/Simulink构造一缓慢时变线性系统。试根据系统的输入生产数据分别用带遗忘因子最小二乘法和广义最小二乘法辨识系统的参数。-in Matlab/Simulink constructed a slow time-varying linear systems. Examination under the input production data were used to bring the forgotten factor method of least squares and generalized least squares method recognition system parameters.
- 2022-11-02 04:10:03下载
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