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Genbank格式的基因序列绘制基因的结构图
应用背景
NCBI上很多基因组DNA序列都有结构描述,其中关于内含子结构的描述通常是 CDS join(1..193,290..1284),表示两个外显子,中间一个是内含子位置,有些基因组DNA更复杂,内含子数目可能达到10个以上,看起来眼花缭乱。很多研究者希望把这些结构信息以图形的形式展示,一目了然,容易分析。用这个perl脚本可以方便的绘制图形,只需要把序列下载下来,输入一个命令自动绘图成功!
关键技术
计算机条件:linux系统,我是在ubuntu系统上使用的。网上下载bioperl 安装。安装很简单,bioperl下载后解压到一个盘上,形成一个文件夹。安装Bio::Graphics的方法,在ubuntu的命令行下输入 sudo perl -MCPAN -e"install Bio::Graphics" 即可自动安装。在Ubuntu安装了bioperl,Bio::Graphics后,可以cd到这些perl脚本和文件所在的文件夹下,在linux终端输入命令行, genbankplot.pl NM_172587.gb >1.png,得到的png图像双击就打开,是基因的结构图!!!注意先把NM_172587.gb 这个genbank下载的文件拷贝到bioperl文件夹下。得到的图就像1.png。
- 2022-02-10 02:56:54下载
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java实现的实时绘图器-achieve real-time mapping device
- 2022-10-26 21:55:03下载
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适合初学者入门学习的程序,使用microsoft的基本功能函数。主要实现了画矩形,画直线2大功能,对处于矩形框架外的直线进行裁剪。(工程文件名为“裁剪”)-AppWizard has created this CUT application for you. This application
not only demonstrates the basics of using the Microsoft Foundation classes
but is also a starting point for writing your application.
- 2022-10-19 19:40:04下载
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哈夫曼编码(C语言)
哈夫曼编码(C语言)-Huffman coding (C language)
- 2022-08-23 08:31:38下载
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本程序提供了lzw编码的压缩和解压缩函数,并实现对图象文件的压缩和解压缩-the procedures provided 4,558,302 coding compression functions, and to achieve the right image file compression
- 2023-09-07 13:00:02下载
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beziereditor是Bezier曲线编辑器具有以下功能:<;BR >;
BezierEditor is a Bezier Curve Editor with follow functions : -add/remove curves and points -move points and curves -zoom in/out/box -load and save in a text file -multiple selection -BezierEditor is a Bezier Curve Editor with follow functions:
- 2022-09-13 11:00:03下载
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实现函数imdilate的膨胀效果,自己编写的matlab函数实现。-Imdilate realize the expansion of function effect, I have written matlab function.
- 2022-02-12 09:04:41下载
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用C++和OPENCV实现的SOBEL边缘检测
-C++, and OPENCV realized SOBEL edge detection
- 2022-01-26 00:51:56下载
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这是一个基于vc的图形图像编程开发的一款小游戏,希望大家从中了解到一些图像的基本知识...
这是一个基于vc的图形图像编程开发的一款小游戏,希望大家从中了解到一些图像的基本知识-vc based on the graphics programming of the new mini-games, we also learned some basic knowledge of image
- 2022-11-10 19:35:04下载
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procedures Lane contains a read DXF file of the DXF.DLL. Demonstration of the co...
程序里包含有一个读取DXF文件的动态库DXF.DLL,代码演示了如何利用该动态库实现对DXF文件夹的读取!-procedures Lane contains a read DXF file of the DXF.DLL. Demonstration of the code on how to use the dynamic for achieving the DXF file folders to read!
- 2022-01-24 12:44:53下载
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